AVERTISSEMENT : l'article suivant contient des spoilers pour Jours passés .
Après environ 40 heures de jeu pour terminer l'histoire principale, de nombreux joueurs mettront de côté leurs manettes et partiront. Jours passés pour de bon . Autre démarrera un tout nouveau fichier de sauvegarde. Cependant, ceux qui continuent à jouer après le générique seront récompensés par une fin secrète, qui a d'énormes ramifications.
Une fois la mission finale terminée et l'île des sorciers détruite, la carte du monde ouvert du jeu est toujours disponible pour parcourir. À partir de là, les joueurs peuvent terminer tous les objectifs secondaires restants, tels que les sites de recherche Freaker Hordes ou NERO. Après un certain temps, le joueur recevra un message radio du chercheur de NERO James O'Brian, qui demandera au joueur de le rencontrer.
Lorsque le protagoniste Deacon St. John rencontre O'Brian au vieux cimetière, les choses deviennent dingues. Dans le prologue, le joueur rencontre O'Brian, qui porte une combinaison intégrale contre les matières dangereuses et un casque avec un écran transparent. Ici, son visage est visible. Cependant, tout au long du reste du jeu, le masque d'O'Brian est teinté, ce qui signifie que Deek ne peut pas voir son visage.
La raison de cela n'est révélée que dans la cinématique de la fin secrète : O'Brian est infecté. Il enlève enfin son masque pour révéler un visage macabre et vasculaire, faisant reculer Deacon. O'Brian explique que le virus qui a créé les Freakers évolue rapidement et qu'il est maintenant à un stade où il peut envahir le système lymphatique (qui aide à protéger le corps contre les maladies et les infections) des personnes non infectées. Il révèle également que les supérieurs de NERO sont au courant depuis un certain temps et avertit Deacon qu'ils arrivent. O'Brian part, sautant dans un hélicoptère aéroporté avec une force et une agilité inhumaines.
Cette cinématique montre que cette nouvelle souche du virus crée une toute nouvelle forme de Freaker, qui maintient les fonctions cognitives d'un humain mais possède la force, la vitesse et l'agressivité des créatures que Deacon combat tout au long Jours passés . En fait, à plusieurs moments de cette scène, le corps d'O'Brian fait des secousses apparemment involontaires, et il fait même plusieurs pas vers Deek avant de s'excuser. Bien que cela ne soit jamais explicitement indiqué, il semble que l'O'Brian résiste à l'envie biologique d'attaquer provoquée par le virus.
De toute évidence, cette scène était destinée à laisser la porte ouverte à une Jours passés suite, quelque chose qui semble maintenant ne jamais arriver. Au lieu de la fin optimiste de Deek au coucher du soleil avec Sarah, cette tournure a terminé le jeu sur une note plus sombre et plus menaçante. La nouvelle forme de Freaker introduite par O'Brian aurait constitué un ennemi redoutable dans un deuxième match, qui aurait sûrement suivi les efforts de Deacon pour découvrir la vérité sur le lien de NERO avec le virus.
Il convient de noter que, bien que NERO figure en bonne place dans Jours passés , Deacon ne se bat jamais contre eux. Dans les missions dans lesquelles ils sont présentés, Deek ne peut que se faufiler autour des soldats et des chercheurs, car le jeu montre clairement que leurs combinaisons sont trop fortifiées pour qu'il puisse couper ou tirer à travers. Une suite aurait probablement fait de NERO le principal antagoniste, Deacon et sa compagnie devant les affronter de front. Cependant, dans l'état actuel des choses, c'est une histoire qui restera inconnue.