Durant les derniers jours de la République, le Guerres des étoiles l'univers a reçu un coup dur pour le côté lumineux de la Force. Dans une commande rapide, l'empereur Palpatine a activé l'Ordre 66. Le protocole a été implanté via une puce dans chaque soldat de l'armée de clones et, une fois activé, a forcé les soldats à exécuter tous les Jedi à proximité. La Grande Purge Jedi a mis au repos un grand nombre de Jedi et, avec leur mort, a mis fin à toutes les missions et mystères qui restaient à accomplir.
De tous les Jedi tombés ce jour fatidique, aucun ne semblait aussi brutal que la mort d'Aayla Secura sur la vibrante planète de Felucia. Star Wars Épisode III : La Revanche des Sith montre la jeune Twi'lek abattue par son bataillon de clones. Malheureusement, lorsqu'elle est tombée, elle a été distraite par un oiseau et incapable de réagir. Cependant, le tir s'attarde encore quelques secondes et montre les clones continuant à tirer sur son corps inerte. De nombreuses questions ont émergé de sa terrible disparition alors que les fans tentent de comprendre pourquoi les clones semblaient si froids envers elle.
Tout comme son maître, Quinlan Vos, Secura a choisi de suivre son propre chemin tout en tenant compte de l'Ordre Jedi. Cela se voyait dans son choix de vêtements et la façon dont elle maniait son sabre laser avec une prise inversée. Secura se souciait profondément de son maître, qui était particulièrement fort dans la Force. De nombreux théoriciens pensent qu'elle était aussi immensément puissante dans la Force. Si tel était le cas, la raison pour laquelle les clones l'ont abattue était peut-être de s'assurer qu'elle ne se lèverait pas pour infliger des dégâts massifs avec ses capacités.
La plupart des aventures de Secura ne la montrent pas en train d'utiliser une force immense dans la Force pendant la guerre des clones. Même ainsi, il est tout à fait possible que ses capacités ne se soient pas encore pleinement manifestées. Alternativement, sa force aurait pu être canalisée grâce à sa capacité de combat qui utilisait le combat au sabre laser de forme IV et de forme V, et comprenait une abondance d'acrobaties et de mouvements offensifs à grande vitesse.
Une autre théorie qui a été présentée était fortement liée à la relation de Secura avec son bataillon de clones. En raison des nombreuses années que les Jedi ont passées avec leurs soldats clones, de nombreux liens se sont formés entre les deux groupes. Certains des meilleurs exemples incluent le capitaine Rex et Ahsoka Tano ou le commandant Cody et Obi-Wan Kenobi. Avec cette logique, les clones ont peut-être continuellement tiré sur Secura parce qu'ils se souvenaient de l'histoire qu'ils partageaient avec elle et voulaient s'assurer que sa mort était rapide et indolore. Si c'était vrai, cela ferait de leur dernier acte en tant que soldats clones l'un des plus miséricordieux de la Purge.
Aayla Secura était l'une des Jedi les plus compatissantes de l'ordre. Pour cette raison, sa fin violente a été considérée comme l'une des plus brutales de la Grande Purge Jedi. La mort de Secura représente également la dévastation rapide et chirurgicale que l'Empereur avait entrepris de réaliser. Il en faut beaucoup pour tuer un Jedi, et même Anakin Skywalker dans La menace fantôme ne croyait pas qu'il était possible de tous les vaincre. Cependant, l'Empereur lui a prouvé qu'il avait tort en les éliminant presque tous d'un seul coup.
La mort de presque tous les Jedi est survenue rapidement et violemment. Au cours de l'événement, certains des derniers sentiments ressentis par les utilisateurs de la Force survivants étaient la trahison et la douleur. Même la mort de Secura a touché Yoda, qui était sur une planète complètement différente à l'époque. La raison exacte pour laquelle les clones ont tiré tant de fois sur Secura reste un mystère. Néanmoins, ce mystère a permis aux fans de se réunir, encore une fois, pour spéculer sur les nombreux autres mystères de l'univers Star Wars.
